Sekolah tinggi yang ada di Umsida (STIT-MS, STIPER-MS, STIMIK-MS, STIE-MS, STISIPOL-MS) telah dan terus memperoleh rekognisi dan antusiasme dari masyarakat Kabupaten Sidoarjo dan wilayah di sekitarnya, sehingga dirasa perlu segera menyiapkan berdirinya Universitas Muhammadiyah Sidoarjo (UMSIDA).

Guna merealisasikan keinginan tersebut dilakukan pengelolaan kelima Sekolah Tinggi tersebut secara sungguh-sungguh, penuh semangat, dan kerja keras mengembangkan eksistensinya, baik kelembagaan, peningkatan jumlah mahasiswa dan mutu lulusannya. Hasilnya, pada tahun akademik 1989/1990 STIT-MS berdiri sendiri dengan status terdaftar berdasarkan Surat Keputusan Menteri Agama RI Nomor 31 Tahun 1989, tertanggal 9 Pebruari 1989.
Satu tahun kemudian, pada tahun akademik 1990/1991 STIPER-MS dan STIMIK-MS juga dikelola sendiri berdasar SK Menteri Pendidikan dan Kebudayaan RI Nomor 037/0/1990 dan Nomor 036/0/1990, tertanggal 17 Nopember 1990. Selanjutnya, pada tahun akademik 1994/1995 berdiri 2 (dua) Sekolah Tinggi baru yang dikelola secara penuh dan mandiri oleh BPPT-MS.

Hasil ini dapat dilihat bahwa selama kurun waktu empat tahun kelima Sekolah Tinggi Muhammadiyah Sidoarjo telah menjadi Perguruan Tingi alternatif bagi masyarakat Kabupaten Sidoarjo dan wilayah di sekitarnya. Hasil kerja keras ini dapat dilihat dengan peningkatan STIT-MS menjadi status “Diakui” oleh Kementerian Agama RI pada Tahun 1995 dan status akreditasi untuk semua jurusan/program studi oleh BAN-PT.
Usaha pengembangan UMSIDA dilanjutkan, dan Ikhtiar penggabungan Sekolah Tinggi menjadi Universitas tersebut membuahkan hasil. Pada tahun akademik 2000/2001 berdasarkan SK Mendiknas Nomor: 241/D/0/2000 secara penuh dan mandiri berdiri Universitas Muhammadiyah Sidoarjo sebagai bentuk perubahan atau penggabungan dari lima Sekolah Tinggi Muhammadiyah Sidoarjo dengan mengusulkan penambahan 3 (tiga) program studi baru, yakni: Program Studi Teknik Mesin, Teknik Elektro, dan Teknik Industri.

Sejak pertama kali berdirinya lembaga pendidikan tinggi Muhammadiyah di Sidoarjo pada tahun 1984 hingga tahun 2000, terdapat berbagai perkembangan signifikan yang dialami Umsida. Perkembangan pertama adalah pada berubahnya status dari sekolah tinggi menjadi universitas pada tahun 2000, diiringi dengan penambahan 3 (tiga) program studi baru, yakni : (1) Prodi Teknik Mesin, (2) Prodi Teknik Elektro dan (3) Prodi Teknik Industri.

Pada tahun akademik 2000/2001 berdasarkan SK Mendiknas Nomor : 241/D/O/2000 secara penuh dan mandiri berdiri Universitas Muhammadiyah Sidoarjo sebagai bentuk perubahan atau penggabungan dari Sekolah-Sekolah Tinggi Muhammadiyah Sidoarjo UMSIDA dipimpin rektor pertama oleh Prof. Dr. Syafiq A. Mughni, MA.

Berubahnya lima Sekolah Tinggi Muhammadiyah Sidoarjo menjadi Universitas Muhammadiyah Sidoarjo (UMSIDA) mengantar Perguruan Tinggi ini terus tumbuh dan berkembang, hingga saat ini berkembang menjadi 28 program studi dan 5 fakultas.
Ini merupakan wujud kepercayaan masyarakat kepada institusi pendidikan Tinggi Muhammadiyah di Sidoarjo dan juga wujud dari peningkatan tata kelola, tata pamong, peningkatan tridarma, serta mutu lulusan mahasiswa Umsida.
Pada era kepemimpinan Prof. Dr. Syafiq A. Mughni, MA, UMSIDA mulai ekspansi dari kampus 1 di jalan Mojopahit 666B Sidoarjo ke kampus 2 di Jalan Raya Candi. Pada masa ini, UMSIDA memiliki lima fakultas, yaitu Fakultas Agama Islam, Fakultas Ekonomi, Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik, Fakultas Teknik, dan Fakultas Pertanian.

Dari lima fakultas tersebut terdapat 15 program studi Sebagai perguruan tinggi muda, UMSIDA terus berbenah meskipun hingga tahun 2006 jumlah student body mahasiswa dari lima fakultas tersebut dikisaran di 2000 mahasiswa.
Masa kepemimpinan Prof. Syafiq A. Mughni, MA sebagai rektor hingga tahun 2006. Prof. Syafiq A. Mughni didapuk menjadi Ketua PWM Jawa Timur periode 2005-2010.

Pada tahun 2006, kepemimpinan Umsida dilanjutkan oleh Prof. Achmad Jainuri, MA., Ph.D. Masa kepemipinan Prof. Achmad Jainuri, MA., Ph.D sebagai rektor UMSIDA selama dua periode, yakni periode 2006-2010 dan 2010-2014.
Seiring dengan bertumbuhnya kepercayaan masyarakat, pembangunan dan perkembangan UMSIDA menjadi semakin pesat. Pada tahun 2013 Akademi Kebidanan (Akbid) Siti Khodijah Sidoarjo bergabung dengan UMSIDA.

Bergabungnya FIKES ke UMSIDA dikuatkan oleh SK Mendikbud Nomor: 520/E/O/2013 tanggal 23 Oktober 2013, tentang Izin Peleburan Akademi Kebidanan Siti Khodijah Sidoarjo ke Universitas Muhammadiyah Sidoarjo. Dengan ini, UMSIDA memiliki kampus ke-3 yang berlokasi di Jl. Raya Pilang Wonoayu untuk kegiatan akademik Fakultas Ilmu Kesehatan (FIKES).
Selain FIKES, pada periode rektor Prof. Achmad Jainuri, MA., Ph.D berdiri pula tiga fakultas baru, yaitu Fakultas Psikologi, Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan, serta Fakultas Hukum sehingga total fakultas yang ada yaitu sembilan fakultas. Dari sembilan fakultas ini, UMSIDA memiliki 22 program studi dengan total student body mencapai lebih dari 5000 mahasiswa.

Pasca perubahan status menjadi universitas, sivitas akademika Umsida semakin meningkatkan kinerja universitas sehingga meraih perubahan yang sukup signifikan selanjutnya, Beberapa penghargaan dan capaian prestasi yang diraih UMSIDA di antaranya: (1) Lima besar Perguruan Tinggi Swasta Unggulan Kopertis VII Jawa Timur tahun 2012; (2) Sistem Penjaminan Mutu Internal (SPMI) terbaik dari Kemendikbud tahun 2012; (3) Bidang Kelembagaan dan Tata kelola dari Kopertis tahun 2013 dan tahun 2015; (4) Penelitian, Pengabdian dan Kemahasiswaan tahun 2013 dan tahun 2015; (5) Posdaya terbaik dari Yayasan Damandiri tahun 2013; (6) Peraih penghargaan Damandiri Award tahun 2014;
Perubahan yang sangat signifikan adalah perubahan akreditasi institusi Umsida dari C menjadi B. Secara institusi sejak tahun 2015 UMSIDA telah terakreditasi dengan peringkat B (Sangat Baik). Hal ini menandakan peningkatan di seluruh standar pendidikan di Universitas Muhammadiyah Sidoarjo. Tidak hanya pada perubahan status akreditasi institusi, disusul dengan banyak program studi di Umsida juga mengalami perubahan akreditasi juga menjadi Sangat Baik.

Pada masa kepemimpinan rektor UMSIDA yang ketiga, pada tahun 2015 yaitu Dr. Hidayatulloh, M.Si, pembangunan Umsida semakin gencar dilakukan. Hal ini dilakukan untuk mewujudkan nilai-nilai UMSIDA serta visi untuk mewujudkan UMSIDA menjadi perguruan tinggi yang unggul dan inovatif dalam pengemangan IPTEKS berdasarkan nilai-nilai Islam untuk kesejahteraan masyarakat, UMSIDA sudah memiliki dua gedung kuliah bersama dengan 7 lantai serta auditorium untuk memberikan layanan akademik dan non akademik terhadap seluruh civitas akademik UMSIDA.

Pada periode ini, UMSIDA sudah memiliki 32 program studi dengan student body berjumlah 10.350 mahasiswa. Selain itu juga telah mewujudkan setidaknya lima prodi menjadi terakreditasi A. Hal ini menunjukkan bahwa proses pendidikan yang berjalan di UMSIDA adalah proses yang dijalankan dengan sungguh-sungguh untuk mewujudkan keunggulan sehingga kepercayaan masyarakatpun menjadi semakin bertambah. UMSIDA saat ini tidak hanya melayani mahasiswa dari Sabang hingga Merauke saja, tapi juga mahasiswa internasional.

UMSIDA terus mengalami perkembangan, hingga pada tahun akademik 2018/2019 Umsida melakukan penyatuan fakultas. Dari sembilan Fakultas menjadi lima Fakultas dan 30 Program Studi, terdiri dari:
1) Fakultas Agama Islam Program Studi Manajemen Pendidikan Islam (S-2), PAI (S-1), PBA (S-1), PGMI (S-1), dan Perbankan Syariah (S-1). Selain itu juga ada Ma’had Umar Bin Khattab, dengan Program Studi Bahasa Arab dan Studi Islam (D-2), dan Tahfidz al-Qur’an (D-2).
2) Fakultas Sain dan Teknologi (Saintek), dengan Program Studi Informatika (S-1), Teknik Mesin (S-1), Teknik Industri (S-1), dan Teknik Elektro (S-1), Agroteknologi (S-1), Teknologi Pangan (S-1), dan Teknik Sipil (S-1).
3) Fakultas Psikologi dan Ilmu Pendidikan, dengan Program Studi Psikologi (S-1); Pendidikan Guru SD (S-1), Pendidikan Guru PAUD (S-1), Pendidikan Bahasa Inggris (S-1), Pendidikan IPA (S-1), dan Pendidikan Teknik Informatika dan Komputer (S-1).
4) Fakultas Bisnis, Hukum, dan Ilmu Sosial, dengan Program Studi Magister Manajemen (S-2), Manajemen (S-1), Akuntansi (S-1), Ilmu Hukum (S-1), Administrasi Publik (S-1), Ilmu Komunikasi (S-1), dan Bisnis Digital (S-1).
5) Fakultas Ilmu Kesehatan dengan Program Studi Kebidanan (D-3), Pendidikan Profesi Bidang (S-1), Teknologi Laboratorium Medis (D-4), Manajemen Informasi Kesehatan (D-4), dan Fisioterapi (D-3).

Perkembangan signifikan berikutnya adalah perubahan visi Umsida yang diiringi dengan pentahapan menjadi kampus Internasionial. Dengan visi Umsida “menjadi perguruan tinggi unggul dan inovatif dalam pengembangan ilmu pengetahuan, teknologi, dan seni berdasarkan nilai-nilai Islam untuk kesejahteraan masyarakat” telah menetapkan tahapan pencapaiannya sampai pada ASEAN Recognition di tahun 2038. Untuk itu UMSIDA terus melakukan berbagai upaya untuk meningkatkan prestasi diberbagai bidang, baik akademik maupun nonakademik
Selain pekembangan suprastruktur di atas, secara fisik Umsida juga mengalami perkembangan infrastruktur yang pesat. Berabgai penambahan gedung baru dilakukan. Dari sejak pertama kali hanya memiliki satu gedung untuk perkantoran dan perkuliahan, kini Umsida telah memiliki berbagai gedung sebagai sarana dan prasarana penunjang perkuliahan dan perkantoran. Di tiga kampus kini telah berdiri gedung kuliah bersama yang bisa menampung secara keseluruhan untuk 15 ribu mahasiswa, tiga puluh laboratorium, dua auditorium, dua lahan parkir dengan lima tingkat di kampus 1 dan 2, villa untuk tempat pelatihan/training center, dan bisnis centre sebagai pusat bisnis Umsida.

Pada tahun 2023, UMSIDA terus mengembangkan visi pendidikan dengan mendirkan Program Studi Kedokteran GIGI. Prodi ini telah mendapatkan Surat Keputusan (SK) izin pembukaan Prodi Kedokteran Gigi dari Menteri Pendidikan Kebudayaan Riset dan Teknologi (Mendikbudristek) Republik Indonesia dengna nomor: 828/E/E/2003 pada tanggal 18 Oktober 2023.
Umsida menyiapkan Prodi Kedokteran Gigi ini dalam waktu yang relatif singkat, yakni sejak April hingga Oktober 2023 Umsida telah menerima SK. Dengan dibukanya prodi Kedokteran Gigi ini, Umsida telah menyiapkan beberapa komponen sistem persyaratan untuk membuka prodi baru dan penerimaan mahasiswa baru. Dengan diterimanya surat keputusan ini, Umsida akan mulai menerima mahasiswa baru pada tahun akademik 2024-2025. Pendaftaran tersebut dibuka pada Desember 2023.
Hingga kini, secara keseluruhan Umsida telah memiliki 12 Prodi dengan status akreditasi Unggul/A. Di tahun 2024, Umsida menargetkan untuk bisa memiliki Prodi yang terakreditasi Unggul/A minimal 15 prodi dan Akreditasi Institusi Perguruan Tinggi dari B menjadi Unggul.